Madrasah Aliyah Bahrul Ulum didirikan pada tahun 2003 sebagai kelanjutan dari pendidikan menengah pertama MTs Bahrul Ulum. Kehadiran MA Bahrul Ulum adalah jawaban atas kebutuhan masyarakat akan pendidikan yang lebih tinggi pada masa itu. Berada di bawah naungan Kementerian Agama RI, madrasah ini awalnya menerapkan Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) yang kemudian disempurnakan dengan Kurikulum 2004.

Pada tahun 2006, MA Bahrul Ulum beralih ke Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP) yang digunakan hingga tahun 2013. Selama satu dekade pertama, dari 2003 hingga 2013, madrasah ini dipimpin oleh Bapak Ahmad Mukauqis S. Ag.

Tahun 2013 menjadi tahun perubahan penting bagi MA Bahrul Ulum. Di bawah kepemimpinan baru Bapak Baihaqi Ghazali, S.Pd dan Ketua Yayasan yang baru, KH. Hodrie Ariev, madrasah ini mulai menerapkan kurikulum integrasi. Kurikulum ini menggabungkan kurikulum nasional dengan kurikulum pesantren berbasis kitab kuning atau kitab thuras. Perubahan ini membawa MA Bahrul Ulum ke arah pendidikan yang lebih holistik, memadukan ilmu pengetahuan umum dan agama dengan harmonis, yang diterapkan hingga sekarang.